在东京都内一处被樱花雨常年笼罩的老旧街区，有一家名为“暮色时分”的隐秘咖啡馆。店主佐藤健一是一位沉默寡言的中年男人，他的生活像这杯中的黑咖啡一样苦涩而单一，直到那个雨夜，两个年轻人的闯入彻底打破了他平静的世界。第一个是名叫小樱的十八岁女孩，她眼神清澈却透着与其年龄不符的沧桑，手里紧紧攥着一张泛黄的照片，照片上是三十年前在此地消失的一家人；第二个是叫雷的二十二岁青年，他穿着不合时宜的复古西装，举止优雅却带着一种近乎偏执的冷静，自称是来寻找“时间缝隙”的旅人。
三人就这样在“暮色时分”开始了奇妙的同居生活。小樱似乎被困在了某个特定的时间点，她每天下午三点都会准时在咖啡馆门口出现，无论雷和佐藤如何尝试与她沟通，她总是重复着那句：“如果当时我回头了，一切都会不一样。”雷则不同，他拥有某种超脱常理的感知力，他能看见空气中流动的“遗憾”色彩，并试图用一种近乎魔法的方式去修补它们。佐藤健一从最初的警惕、排斥，到后来被两人身上那种纯粹的执着所打动，逐渐敞开了尘封的心门。
剧情的高潮在一个暴雨倾盆的夜晚到来。小樱终于道出了她穿越时空的真相：三十年前，她的母亲在离开咖啡馆时，因为犹豫是否回头带走年幼的她，而遭遇了一场突如其来的车祸，导致家庭破碎。而雷，其实是三十年后小樱的儿子，他利用自己从未来带来的时间科技，回到了过去，试图改变母亲的选择。然而，时间的法则残酷而冰冷，任何试图强行扭转因果的行为，都会引发巨大的时空震荡，甚至导致三人存在的消失。
在雷雨交加的咖啡馆内，雷与小樱爆发了激烈的争吵。雷坚信只要母亲回头，就能拥有完美的家庭，但他忽略了母亲在那个雨夜转身离去时的痛苦与无奈，那或许才是她活下去的唯一动力。佐藤健一站了出来，他拿出自己珍藏的一本旧日记，里面记录着三十年前那个雨夜，他亲眼目睹了那位母亲在车祸前一刻的挣扎，以及她最终选择放手是为了让女儿拥有更广阔未来的决绝。佐藤告诉雷：“有些遗憾是成长的代价，强行抹去它，你得到的将是一个虚假的完美。”
随着雷逐渐理解了母亲的深意，时空的裂缝开始闭合，小樱的身影在雷的怀中逐渐变得透明。在最后的告别时刻，小樱露出了三十年未有的灿烂笑容，她不再执着于改变过去，而是接受了命运的安排。雷也终于明白，他寻找的不是修正过去的机会，而是与母亲和解的契机。随着雨停，晨曦微露，“暮色时分”咖啡馆恢复了往日的宁静。佐藤健一独自坐在窗边，看着空荡荡的座位，心中却不再感到空虚。他明白，这三人的相遇，虽然短暂，却让他重新找回了生活的温度与意义。故事在一种淡淡的忧伤中落幕，留给观众关于时间、亲情与成长的无尽遐想。
