在西南边陲一个被浓雾常年笼罩的贫困山村“黑石沟”，故事随着一场突如其来的暴雨悄然拉开序幕。这里民风彪悍，宗族势力凌驾于法理之上，而“畜生”二字，既是村民对恶人的咒骂，也是导演对人性深渊的冷峻凝视。影片的主人公是刚出狱的阿生，他因替人顶罪入狱七年，归来时只带着一身戾气和一双浑浊的眼睛。他原本想在这个与世隔绝的角落找个女人过安稳日子，却不知自己正一步步踏入一个精心编织的罪恶罗网。
村中首富赵家，表面光鲜亮丽，实则干着倒卖文物和贩卖人口的勾当。赵家大少爷赵天，生性暴虐，视人命如草芥，是村里人人敢怒不敢言的“活阎王”。阿生的回归，意外撞破了赵天在深山废弃矿洞中囚禁一名受害少女的秘密。阿生本欲报警，却因当地派出所所长早已与赵家利益捆绑，报警无果反遭毒打。在绝望与愤怒的交织下，阿生心中的“人”性逐渐褪去，取而代之的是一种原始的、近乎野兽般的求生与复仇本能。
影片的高潮在一个月黑风高的夜晚爆发。赵天为了掩盖罪行，策划了一场“意外”欲将阿生灭口，并嫁祸给村中一名无辜的哑巴。阿生在生死边缘挣扎，利用对地形的熟悉和七年前狱中练就的狠劲，将赵天的狗腿子一一击倒。然而，当阿生最终站在赵家大院前，面对的是赵家雇佣的打手和持枪的赵天本人。此时的阿生，衣衫褴褛，满脸血污，眼神中已无半点人类的温情，只有如同困兽般的凶光。他不再寻求法律的制裁，因为他深知在这片土地上，法律早已失效，唯有以暴制暴才是唯一的出路。
一场血腥的混战在暴雨中上演，雨水冲刷着泥泞中的血迹，将黑石沟染得如同炼狱。阿生以寡敌众，每一拳都带着七年的悔恨与愤怒，每一脚都踩碎了所谓的宗族尊严。赵天在恐惧中试图逃跑，却被阿生死死拖住。在最后的对峙中，阿生没有选择开枪，而是用那把生锈的锄头，将赵天逼入了矿洞的深渊。镜头特写阿生那双沾满泥土的手，他看着赵天在泥泞中挣扎，仿佛看着一只真正的畜生在垂死挣扎。那一刻，阿生仿佛也变成了他曾经最痛恨的“畜生”，为了生存和正义，他不得不撕下文明的外衣，回归到最原始的状态。
影片结尾，雨过天晴，黑石沟依旧笼罩在晨雾中，仿佛什么都没发生过。阿生消失在茫茫山岭中，只留下一地狼藉和村民惊恐的眼神。他不再是那个想回归家庭的囚徒，也不再是那个渴望法律的公民，他成了这片土地上新的传说，一个游走在人性边缘的“畜生”。电影没有给出善恶有报的俗套结局，而是留下了无尽的思考：当文明无法守护弱者时，人性是否就只剩下兽性？当法律成为权贵的遮羞布时，所谓的“畜生”究竟是指作恶的人，还是被逼到绝境不得不作恶的受害者？这部作品以冷峻的镜头语言，剥开了人性最丑陋的伤疤，让观众在战栗中反思正义的代价。
