故事发生在民国初年，一座被雨雾终年笼罩的江南水乡，名叫“云溪镇”。这里青石板路蜿蜒，乌篷船摇曳，却藏着一段被时代洪流淹没的禁忌往事。影片《恋奴》并非讲述主仆之间的主从之情，而是一场关于灵魂在阶级枷锁中如何挣扎、破碎与重生的悲剧挽歌。
男主角林远山是云溪镇林家大宅的三少爷，生性孤傲，厌恶家族附庸风雅的虚伪，却对家中那位沉默寡言的哑巴书童阿奴情有独钟。阿奴并非普通家奴，他曾是江南名士的后代，因家族获罪而沦为奴籍，因一场高烧失语，从此隐于深宅，每日只负责整理林远山散落的古籍。林远山视阿奴为知己，在无数个雷雨交加的夜晚，两人共读诗书，林远山为阿奴研墨，阿奴则用那双布满老茧却异常灵巧的手，在林远山掌心写下从未说出口的诗词。他们的感情超越了主仆，甚至超越了世俗的男女之爱，是一种在窒息环境中相互取暖的灵魂依恋。
然而，平静的生活被一场突如其来的政治风波打破。林远山的父亲，林家大老爷，为了攀附权贵，决定将林远山许配给军阀的千金，并计划将阿奴作为“礼物”送给那位以残暴著称的督军，以此换取政治庇护。阿奴被强行带离大宅的那一刻，林远山试图反抗，却被父亲以断绝关系相要挟。阿奴在昏暗的轿子中，透过轿帘缝隙，最后看了一眼林远山站在雨中的身影，眼神中没有恐惧，只有一种决绝的悲凉。
三年后，云溪镇再次迎来变故。督军府被推翻，阿奴死里逃生，却已遍体鳞伤，不仅失去了声音，更失去了作为“人”的尊严。他隐姓埋名，以乞讨为生，在街头流浪。而林远山在父亲的逼迫下，被迫迎娶了军阀千金，却终日郁郁寡欢，最终在婚房内自焚，只留下一封未寄出的信。影片的高潮发生在林远山死后，阿奴在混乱的人群中找到了林远山的遗物——那本被烧焦了一半的线装书。阿奴颤抖着翻开，书页间夹着林远山生前用血写下的字：“愿来世，不做主，不做奴，只做你与我。”
影片的最后，阿奴站在云溪镇的桥头，看着乌篷船依旧来来往往，雨雾依旧弥漫。他缓缓将手中的书投入江中，看着书页随波逐流，消失在茫茫水色中。镜头拉远，阿奴的身影在雨雾中逐渐模糊，仿佛他从未存在过，又仿佛他早已化作了这座古镇的一部分，永远守护着那段被尘封的“恋奴”旧梦。整部影片没有一句对白，只有雨声、船橹声和偶尔的呜咽，用极致的视听语言，谱写了一曲关于自由、爱与绝望的悲歌。在这个等级森严的时代，两个卑微的灵魂试图跨越鸿沟，却最终被现实的巨浪吞噬，只留下一段凄美的传说，在历史的长河中若隐若现。
