在南方一座终年笼罩在潮湿雾气中的老城，有一所名为“慈安”的私立寄宿学校。这所学校坐落在半山腰，四周被浓密的古榕树环绕，传闻每到深夜，老楼西侧的废弃教室总会传出孩童的嬉笑声。故事的主人公林默是一名刚入职的代课老师，他性格孤僻，不善言辞，为了逃避城市喧嚣和一段不堪回首的过往，毅然来到了这所与世隔绝的学校。林默的直觉告诉他，这里的一切都不对劲：学生们眼神空洞，食堂的饭菜总是带着淡淡的腥味，而校工老陈则总是神神秘秘地告诫他：“天黑后，千万别去西楼。”
然而，林默的平静生活很快被打破。他开始频繁地做同一个梦：一个穿着破旧红裙的小女孩，在漆黑的走廊里奔跑，嘴里不停地喊着“妈妈，别丢下我”。每当他醒来，枕边总会湿漉漉的，仿佛真的有人在他床头哭泣。更诡异的是，他在学校的档案室里发现了一份尘封的卷宗，上面记录着三十年前慈安学校发生的一起纵火案，数十名孤儿葬身火海，而唯一的幸存者，是一个名叫“夜童”的男孩。卷宗的最后一页，画着一个奇怪的符号，与林默梦中女孩佩戴的项链一模一样。
随着调查的深入，林默发现学校里的孩子们似乎都在被某种无形的力量操控。他们会在深夜集体站在窗前，整齐划一地望向窗外漆黑的树林，口中喃喃自语。林默试图接近那个在梦中出现的女孩，却发现她只存在于镜子的倒影中。一次偶然的机会，林默在深夜潜入西楼，意外撞见了老陈正在与一群“影子”进行交易。原来，老陈是三十年前那场灾难的幸存者之一，他为了不让当年的悲剧重演，选择用一种邪术将那些孩子的怨灵封印在学校的地下，而“夜童”正是怨灵的核心，它渴望复仇，更渴望被爱。
林默的介入打破了脆弱的平衡。怨灵开始失控，学校里的学生一个个变得狂躁不安，甚至出现了自残的倾向。林默在混乱中终于见到了“夜童”的真面目——它并非恶灵，而是一个被困在时间循环中、永远长不大的孩子。它之所以制造恐怖，是因为它找不到回家的路，更找不到那个承诺会来接它的母亲。林默在恐惧与同情中挣扎，他意识到，要解决这场危机，不能靠驱魔或封印，而必须面对那段被掩埋的真相。
在一个雷雨交加的夜晚，林默带着“夜童”来到了学校的地底密室。那里燃烧着永不熄灭的灵火，映照着无数张哭泣的小脸。林默没有选择驱逐，而是用温柔的声音讲述了自己童年的故事，讲述了对失去亲人的痛楚。他的真诚终于打动了“夜童”，怨灵眼中的红光逐渐褪去，变成了清澈的泪水。随着“夜童”的释怀，那些被封印的怨灵也开始消散，化作点点荧光，升上夜空。老陈在火光中露出了释然的微笑，他终于完成了三十年的赎罪。
雨过天晴，慈安学校恢复了往日的宁静，只是那栋西楼永远被封锁了。林默没有再离开，他选择留在这里，继续教导那些失去父母的孩子。他明白，真正的恐怖不是鬼怪，而是被遗忘的悲伤；而治愈伤痛的良药，是记忆与爱。每当夜幕降临，林默总会坐在窗前，看着远方的灯火，仿佛听到了那个熟悉的声音在风中轻唱，不再是哭泣，而是安心的歌谣。夜童的故事结束了，但关于爱与救赎的传说，才刚刚开始。
