在北海道最北端的宗谷海峡，有一座被终年海雾笼罩的孤岛，岛上住着一位名叫佐藤健一的老人。他曾是著名的海洋生物学家，如今却成了守着一间破旧灯塔的独居者。每年深秋，当太平洋的寒流带来凛冽的北风时，成千上万条鲑鱼会逆流而上，试图游回上游的产卵地，最终死在它们出生的溪流里。健一坚信，这些鲑鱼的死亡并非终结，而是一场关于“回家”的盛大仪式。然而，在这个快节奏的现代社会，岛上的年轻人都已搬离，只剩下健一和那座孤独旋转的灯塔灯。
故事的转折发生在一个暴雨倾盆的夜晚。一艘满载非法捕捞设备的快艇悄悄停靠在岛后，驾驶者是一个名叫林浩的年轻男子。林浩曾是东京某知名金融公司的高管，因一场丑闻身败名裂，带着巨额债务和破碎的心逃离都市。他误打误撞闯入这座孤岛，原本只想在此躲避债务人的追踪，却意外撞见了正在暴雨中徒手阻拦渔网的健一。两人的相遇充满了火药味，林浩嘲笑健一的执着是“与天斗，与命斗”的愚行，而健一则冷冷地回击：“你连自己的心都回不去，又何必嘲笑鱼的归途？”
随着鲑鱼洄游季节的深入，林浩被迫留在岛上协助健一修缮被风暴摧毁的堤坝。在朝夕相处的过程中，林浩逐渐被健一那种近乎偏执的专注所触动。他看到健一在深夜里对着显微镜观察鲑鱼的鳞片，眼中闪烁着孩童般的光芒；他看到健一为了守护一条受伤的鲑鱼，在寒风中守候整夜。林浩开始反思自己逃离的真相：他逃避的不仅是债务，更是面对失败和承认自己无能的恐惧。而健一，其实是在用守护鲑鱼的方式，守护自己逝去的妻子——那位因无法忍受孤独而选择自杀的科学家，健一认为妻子的灵魂化作了鲑鱼，每年归来只为看一眼这片海。
高潮发生在鲑鱼洄游最盛的那一夜。一场突如其来的超强台风席卷岛屿，堤坝面临决堤的危险。林浩在救援过程中，为了救一只被困在浅滩的巨型鲑鱼，险些被巨浪卷走。健一毫不犹豫地跳入海中，用身体护住了林浩。两人在惊涛骇浪中紧紧相拥，那一刻，林浩终于放下了心中沉重的枷锁，泪水与海水混合在一起。他意识到，无论生活如何破碎，只要还有归途，就有重生的希望。鲑鱼们冲破风浪，逆流而上，它们的牺牲是为了延续生命，而人的救赎，往往始于对生命的敬畏。
台风过后，岛屿恢复了平静。林浩决定不再逃避，他利用自己在金融领域的专业知识，帮助健一申请到了保护鲑鱼产卵地的基金，并计划将这座孤岛打造成生态教育基地。健一看着林浩忙碌的身影，脸上露出了久违的温和笑容。他明白，妻子并没有离开，她只是换了一种方式，通过林浩的善意和岛上重获生机的鲑鱼，继续守护着这片海。影片的最后，镜头拉远，夕阳洒在波光粼粼的海面上，无数条鲑鱼在清澈的溪水中游动，它们的身影与灯塔的光束交织在一起，构成了一幅关于生命、救赎与归途的壮丽画卷。海风吹过，仿佛能听到无数灵魂在低语，诉说着关于回家的故事。
